Durante toda a década de 1930 a mobilização social foi marcante na história brasileira. O período era de forte embate ideológico na sociedade. Vivia-se um momento de crise do capitalismo e, mesmo os seus defensores reconheciam a necessidade de implementar mudanças no sistema, principalmente garantindo alguns direitos aos trabalhadores, para salvaguardar um mínimo nível de consumo interno e evitar que a crescente insatisfação deste enorme contingente de pessoas pudesse ser canalizada em favor de transformações sociais mais profundas.

            Assim, no contexto desta disputa entre setores progressistas e reformistas é que desenvolveu-se a gênese do movimento sindical ijuiense. Muito embora essa polarização de forças não estivesse aqui explícita, o clima político nacional induzia uma a espécie de “princípio da precaução” por parte das autoridades públicas locais e isso fez com que, por muitos anos, as lideranças sindicalistas locais como João Agostini, tivessem seus passos vigiados, suas reuniões dispersas e seus integrantes perseguidos. Essa situação de semi-clandestinidade trouxe sérios problemas para a organização dos trabalhadores que, mesmo conseguindo constituir entidades como associações e uniões, tiveram frustradas as suas tentativas de transformá-las em sindicatos representativos de sua categoria.

            Foi somente a partir da segunda metade da década dos anos 1930 que este objetivo alcançou êxito. A partir de uma maior unificação do movimento sindical com a ação dos Círculos Operários (organizados pela Igreja Católica) foi possível aos representantes dos trabalhadores ter acesso uma assessoria mais especializada, capaz de encaminhar a documentação e cumprir com toda a burocracia exigida pelos órgãos oficiais, como o Ministério do Trabalho. Além disso, a aproximação com setores da Igreja rendeu aos trabalhadores uma espécie de aval sobre sua orientação ideológica, afastando as suspeita sobre a “infiltração” de militantes comunistas no movimento.

            Assim, contando com maior apoio organizativo e encaminhando as mobilizações sindicais dentro dos espaços propostos pelo próprio governo Vargas, que oficializou-se em 22 de julho de 1937, a criação, conjunta, de cinco diferentes entidades: Sindicato dos Metalúrgicos, Sindicato dos Trabalhadores em Madeira e seus Artefatos, Sindicato dos Auxiliares do Comércio, Sindicato dos Bancários e Sindicato dos Trabalhadores em Alimentação.            Formaram a primeira diretoria do Sindicato dos Auxiliares do Comércio: João Wichrowski, presidente; Edvino Germano Blum, secretário e Guilherme Gonçalves, tesoureiro.

            Desde 1º de agosto de 1939 até 30 de dezembro de 1960, Paulo Henrique Olschowski esteve à presidência do SEC Ijuí. A nova etapa de organização do movimento sindical trazia consigo uma série de inovações para os trabalhadores. Eram ainda recentes as leis que regulamentavam as condições de trabalho e remuneração, os horários e a documentação como Carteira de Trabalho e Registro Profissional. As entidades sindicais atuavam, neste período, reivindicando a adequação das empresas a estas novas normas e também viveram um novo processo de regramento, que culminou em 1943, quando o Sindicato dos Empregados no Comércio de Ijuí (e logo em seguida também os demais) obteve sua Carta Sindical, já com a denominação atualizada. Seguiu-se então uma fase de crescimento no número de associados, fundamentado principalmente na concessão de benefícios como assistência médica e odontológica. A taxa de associação da categoria foi, em média, de metade do número de trabalhadores no comércio de Ijuí, índice bastante superior ao dos demais sindicatos, em torno de 20%. Mesmo assim, o nível de participação nas atividades sindicais obedecia à média das demais entidades, ficando um pouco acima de 10%.

            Nos anos seguintes, sucederam-se no cargo de presidente do SEC Ijuí, José Onofre Valença (até 1964) e Egone Franke (até 1968). Iniciava-se então o chamado “período militar”, em que os movimentos sociais tinham sua atuação bastante restrita pelas forças de governo. Relatos feitos por pessoas que à época lideravam a entidade confirmam que as lutas sindicais restringiam-se às questões específicas da categoria, como reajustes salariais, manutenção de direitos trabalhistas, entre outros itens semelhantes. Foi o período em que realizaram-se os primeiros dissídios coletivos da categoria, devidamente reconhecidos pela Justiça do Trabalho. Foram presidentes nessa época Vilmar Henrique Bottega (até 1970), Arno Steglich (janeiro a maio de 1970), Luiz Carlos Vasconcellos (até 1972), Irani Paulo Basso (até 1976), João Antônio Franco de Almeida (até 1985 e de outubro de 1986 a maio de 1988), Inácio Göller (até junho de 1986), Arthur Borre (até outubro de 1986).

            A redemocratização do país teve seus efeitos também na estrutura sindical de Ijuí, contando novamente com uma maior participação de setores sociais que foram perseguidos durante a ditadura. É a partir da segunda metade dos anos 1980 que a atuação e mobilização sindical passa a adquirir uma nova característica e vai, aos poucos, incorporando em suas lutas específicas algumas bandeiras mais amplas, relacionadas aos anseios de grandes parcelas da população. É assim que as lutas por democracia e os direitos civis começam a ganhar força também nas entidades sindicais. São presidentes a partir deste período Antônio Rodrigues Machado e Guilherme Persich. Em 2000 é eleita Rosane Simon, a primeira mulher a presidir o Sindicato dos Empregados no Comércio de Ijuí.